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藥學專業中的很多知識跟化學有著緊密的關系,如在醫藥領域中,藥物制備、質量控制、貯存、作用機理和體內代謝過程等都與有機化學密切相關。所以,對于藥學專業的學生或藥學研究人員來講,在學習化學知識、撰寫學術論文和科研成果等寫作中經常需要處理大量復雜的化合物結構和化學反應式,而一般的辦公軟件如WordPowerpoint等表示不出,這就需要專業的化學繪圖軟件。常見的這類軟件有:加拿大高級化學發展有限公司(ACD)開發的ACD/Labs系列軟件中的免費軟件ACDFREEV11.0、Chemsketch4.55[1],美國Cambridgesoft公司出品的ChemDraw[2-3],以及由MDLIn-formationSystems公司開發ISIS/Draw。這些軟件基本上都可以繪制各種化學分子結構式、化學反應方程式以及化工流程圖等化學化工所需的繪制功能,給化學學習者、工作者帶來了極大的方便。本文將對一種常用化學繪圖軟件ChemSketch的繪圖功能和特點進行介紹,使得藥學專業工作者能夠了解該軟件功能并能運用它。
1化學繪圖軟件ACD/ChemSketch的介紹
ACD/Chemsketch是高級化學發展有限公司(ACD)開發的ACD/Labs系列軟件中的免費軟件,可方便地在下列地址下載。它包含ACD/ChemSketch、ACD/3DViewer、ACD/CHNMRViewer和ACD/ChemBasic四個模塊,其中ACD/ChemSketch用于化學畫圖。該軟件可用于畫化學結構、反應和圖形,也可用于設計與化學相關的報告和演講材料;ACD/3DViewer用于分子立體模型創建、演示,可以創建線狀、棍狀、球棍狀、碟狀分子模型圖,并自動旋轉;ACD/CHNMRViewer用于查看核磁共振譜圖;ACD/ChemBa-sic用于化學編程。
2化學繪圖軟件ACD/ChemSketch的主要功能
在Windows下由開始-程序菜單中選擇ACD/Labs目錄中的ChemSketch打開,出現下圖所示的界面。ChemSketch的主要功能分為結構模式和畫圖模式兩種,其中結構模式用于畫化學結構和計算它們的性質,畫圖模式用于文本和圖像處理。下面我們就以具體的例子對該軟件的主要功能進行介紹。例如:繪制對羥基苯甲酸分子結構,首先將軟件的操作界面設定在結構模式下,鼠標點擊屏幕右邊苯環鍵,再將鼠標移動到工作區的空白處點擊出現苯環結構;點擊屏幕左邊的原子工具欄中的氧原子,再激活連續畫圖鍵將鼠標移動到苯環的相應位置上雙擊在苯環上加入了一個羥基;點擊屏幕右邊按鈕,移動鼠標到羥基的對位碳原子上單擊,這樣就完整地繪制出一個對羥基苯甲酸的分子結構。在畫圖模式下可以繪制反應能量圖、各種類型的軌道、畫出各種實驗裝置以及DNA的雙螺旋結構等各種圖形。以繪制P軌道為例,在繪圖工具欄點擊多邊形,由起點向右移動水平鼠標,以畫出軌道的控制線,釋放鼠標。向下移動鼠標,畫出軌道的主體。點擊得到軌道。點擊鼠標右鍵兩次,結束畫軌道。點擊鼠標右鍵兩次,結束畫軌道。切換到選擇/移動/調整大小(Se-lect/Move/Re-size)工具。將光標放在選定的軌道上,按下CTRL鍵,向下拖動鼠標復制軌道的下半部分。選擇上下翻轉(FlipToptoBottom)鍵,將復制的軌道翻轉,然后移動軌道將兩個軌道如圖2所示安放在一起。選定軌道的下半部分,在調色盤中點擊灰色鍵,然后在軌道下半部分點擊鼠標左鍵將軌道顏色改變。
3化學繪圖軟件ACD/ChemSketch的特點
軟件里提供了數千種常見結構式的命名,而且使用標準的IUPAC命名法。利用ChemSketch豐富的模版、強大的繪圖功能和導入、導出功能,可以制作出各式各樣的圖形、圖像素材,使其具有一定的創作兼教育性,可應用于化學教育中,輔助化學教學,輔助化學CAI課件制作以及素材創作。軟件另提供了19個教學電影,非常方便地用于多媒體教學和學術演示。軟件附有中文用戶指南,并已有漢化版,相信在國內市場會越來越流行。
總之,通過該繪圖軟件可以方便地繪制各類化學結構,并且該軟件繪制出的結構可直接用于MicrosoftWord、PowerPoint等文檔編輯軟件,為藥學類專業人員的日常教學和科研提供更多的便利。