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1、公司治理結構的改革沒有涉及到融資體制。
我國的國有企業改革，一直未能涉及到融資體制改革，這就帶來企業的融資問題。一方面，在國家財政的投資能力日益下降的情況下，為了保證企業的國有性質就不得不向國有銀行貸款，這又使得銀行放貸質量不高，產生過多的壞賬、呆賬損失。
2、股權集中度過高，中小股東利益得不到保障。
我國公司制改革是在高度集中的計劃經濟體制基礎上進行的，很多企業在股份制改革時，沒有吸收更多的投資者參與。
3、董事會機構職責不清，獨立性不強。
就目前我國上市公司董事會的實際狀況來看，存在著明顯不足：首先，董事長與總經理的職位合二為一，使得經營層的權力失去了有效的制衡監督。其次，經營管理層占據董事會的大多數席位，形成內部董事占優勢的格局。于是管理層可以對自我表現進行評價。第三，過度地強調監督作用而忽略決策作用。
4、有效的外部董事人力資源市場尚未建立。
董事會吸收外部董事的重要途徑之一就是有效的人力資源市場。只有在市場中形成競爭機制“優勝劣汰”，董事才真正行使職責，才能對企業經理層起到監督制約和咨詢參謀作用。
5、監事會形同虛設，其監督職能非常的有限。
第一，我國公司制企業采用的是單層董事會制度，與董事會平行的監事會僅有部分監督權，而無控制權和決策權。第二，由于我國《公司法》等法規在規范公司治理結構方面以股東價值為導向，忽視了監事會的作用，使監事會成為董事會控制下的議事機構。第三，由于監事會在知識、經驗和能力方面的缺陷，無法起到監督公司業務狀況的作用，使得監事會成為一個擺設。
6、公司治理法制環境不完善。
由于法規的誕生有特定的時代背景，加上我國經濟也在快速的發展，許多方面存在著不足。我國公司治理結構是依據《公司法》的規定設立的，《公司法》的立法初衷是建立股東會、董事會、經理層層負責，各盡其能，監事會履行監控職責的模式。但這種設計本質的缺陷是忽視了應建立以董事會為中心的公司治理結構。在立法時又未充分借鑒別國的經驗教訓，形成我國制度性缺陷。
7、信息披露存在嚴重問題。
一個強有力的信息披露制度是對公司進行市場監督的典型特征，是股東具有行使表決權能力的關鍵。而我國由于政企不分，上市公司經營環境和經營業績波動劇烈，粉飾報表，內幕交易等等，上市公司的市場價值與公司的內在價值、經營業績、治理質量之間往往并不存在普遍顯著的相關性。
二、完善我國上市公司治理結構的對策建議
要建立有效的上市公司治理結構，就要在產權關系清晰和責權利統一的基礎上，實現公司控制權的合理配置，在所有者與經營者之間形成有效的相互制衡機制和對經營者有效的激勵與約束機制，以便于最大限度地提高企業的經營效率。當前，最重要的是解決好以下幾個問題：
1、實現股權分置，進一步明確產權主體。
國有企業現行治理結構存在的首要問題是所有者缺位和“內部人控制”。解決這一問題，使所有者確實到位，涉及到整個國有資產管理體制的改革與進一步完善，特別是涉及到如何明確代表所有者行使權利的機構。
2、改善董事會結構，加強董事職能。
董事會是公司的決策機構，它在公司治理結構中處于中心地位，提高董事會的質量是建立有效公司治理結構的核心任務。
3、完善獨立董事制度，加強對人行為的約束。
在資本市場非常發達并且公司外部治理機制相當完善的國家，對董事會的獨立性都十分重視，作為公司外部治理還不夠發達的我國，更應重視和強化董事會的獨立性。進一步完善獨立董事制度，包括獨立董事提名、選聘和激勵約束機制，發揮獨立董事在公司治理中的積極作用。
4、強化監事會的監督職能。
第一，改變現有董事會和監事會權力并行的做法，提升監事會的地位。第二，要明確監督主體。在我國公司治理體系中，監事會的監督主體應是除控股股東以外的其他利益相關者。第三，監事會制度又產生了新的委托——問題，所以必須在監事會成員的選拔機制與培訓機制方面考慮，加大對監事會成員的監督。
5、逐步培育職業經理人市場。
為了加快高層人才的培養，通過公平的競爭環境選拔合格的企業家，必須建立有一定競爭力的職業經理市場。應從以下幾點考慮：第一，推進經理的職業化。第二，建立統一的經理人才市場。第三，建立和完善職業經理市場管理的有關法規，規范經理行為。
6、建立與現代企業相適應的薪酬制度，完善企業家激勵與約束機制。
鑒于我國目前上市公司的現狀，建立、健全約束機制和激勵機制的重點對象就是上市公司的經營管理者。
有效的激勵機制包括：確立以年薪制為主體的激勵性報酬體制，將公司的經營效益作為依據；建立以股票期權為主的長期激勵機制，增加經營者的風險收入；通過適度的“在職消費”對經營者進行激勵。
有效的約束機制包括：完善所有者與經營者的委托—契約關系；規范公司治理結構，強化董事會和監事會對經營者的監督；通過完備的法律體系，用法律形式對經營者進行約束，規范其職責和權利。同時，一些社會中介組織，如會計事務所等形成對經營者的外部約束。另外，社會輿論、道德評價也對經營者起到社會約束的積極作用。