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論文格式是否規范是編輯初審時對于新來稿件的第一印象，也是判斷稿件學術質量的一項重要標準，可以從側面反映出作者在科研工作中的態度是否端正和嚴謹，也可以體現作者對于期刊和審稿專家的尊重程度［5］。一篇邏輯清晰、語言流暢、格式規范的論文，編輯和外審專家的處理時間都會相對較快，省心省力，發表周期也相對縮短，因此論文的格式規范問題不可忽視。由于大部分稿件的作者是未經論文寫作訓練的研究生，在初次寫作時只是按自己的習慣自由發揮，也未對投稿期刊的格式進行必要的了解，造成來稿格式不規范，不能達到科技期刊的基本要求。因此，編輯需通過平時工作經驗的積累，針對論文的寫作規范制定標準文檔，對文章的中英文題名、摘要、關鍵詞、基金、作者信息的寫法，單位、術語、標點符號的使用，圖、表、圖版等的規范制作等，均給出非常詳細的說明，以便作者理解和參照修改［5］。
通過論文格式的修改可以進一步增強論文的可讀性，但編輯在日常工作中，仍發現有作者修改不到位之處，主要分為以下幾類:第一類是基因、蛋白、轉錄因子、突變體以及化合物的名稱經常出現正斜體書寫不規范;公式中字母的大小寫、正斜體、上標、下標等書寫不規范;針對這些問題，編輯可以具體問題具體分析，在文中給出示范性批注，引導作者修改。第二類問題出現在植物拉丁名的書寫中，經常出現正斜體、變種、亞種書寫不規范甚至錯誤，定名人缺失，中文名與拉丁名不能準確對應等問題，編輯會建議作者認真參考《中國植物志》及其全文電子版網站或者訪問NCBI網站的Taxonomy進行查詢。第三類問題出現在參考文獻中。
目前，編輯部雖然已按照國家的GB/T7714－2015參考文獻著錄規則，制作了詳細的參考文獻規范標準，但由于參考文獻類型較多，作者不熟悉期刊的要求或是對此不夠重視，沒有花足夠的時間和精力認真檢查，而且很多作者是人工對參考文獻格式進行編輯，因而在文獻數量較多的情況下難免出現差錯，很難一次完全修改到位。其中，經常出現的問題除了上述物種拉丁名書寫不規范，基因、轉錄因子、突變體等正斜體不分外，還包括標引內容與引文著錄信息不符，著錄項不全或著錄信息不準確等［6］。針對這些問題，編輯除了進行逐條審核和批注以外，還可以引導作者采用一些文獻管理軟件，如EndNote等，對引用的文獻進行規范的著錄，以減輕編輯的工作量，提高工作效率［7］。