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經濟責任審計的直接目的是評價被審計領導干部在其任職期間應負有的經濟責任的狀況，其審計的結果直接關系到被審計領導干部的政治生命和干部管理機關能否正確評價和任用干部的大事。從領導到群眾期望高，要求高，可容許的誤差小，這就導致了經濟責任審計發生風險的可能性大。
1、法規滯后，規范不夠。兩個暫行規定下發后，全國各地大多數地區都推行了經濟責任審計，但對操作中要使用的審計程序、審計標準、審計文書格式等卻沒有明文規定。最為重要的問題是，經濟責任審計既然作為一種審計制度在全國推行，僅依據兩個暫行規定、兩個實施細則作為依據，其理由是不充分的。兩者雖然對審計內容和審計程序有一些規定，但離實際操作中的需要還有一定的差距。這就降低了經濟責任審計的可操作性及操作的隨意性，加大了風險。
2、與其他審計一樣，獨立性依然是審計工作的前提。但由于經濟責任審計對象的特殊性，要保持獨立性是一大難題。經濟責任審計的對象，是有“權力”的領導者，他們有多年編織的“權力網”、“感情網”在經濟責任審計中會從四面八方向審計人員和審計機關網來，軟磨硬纏、利誘威脅、名點暗示，無所不能。這無疑會給審計人員和審計機關的原則性、獨立性和責任心受到嚴峻的挑戰，一些立場不堅定的同志就可能會喪失原則，加大審計的風險。
3、經濟責任審計的關鍵，是通過評價來確定被審計領導干部應負的主管責任和直接責任。領導責任是與領導者的職責與目標相聯系的，沒有明確的崗位職責與目標，也就不可能確認其應負的責任。長期以來，我國對干部的管理，特別是對行政、事業單位領導干部的職稱，誰也說不清，這無疑會加大經濟責任審計的難度，也會加大審計風險。
4、經濟責任審計涉及的內容多、期限長，而審計的時間又短，不可能實施詳細的審計程序，這就會導致不能察覺所有誤報的可能性大。另外，經濟責任審計臨時安排的多，有計劃進行的少，不僅難以組織合理的審計資源，更難保證有效的審計程序的實施，這必然會增加審計風險。
5、“先審后離”。由于被審計領導還未離位，審計后能不能離位也不一定，所以群眾很難發動，知情人也不敢揭露事實真相，這無疑會增加審計的難度，增加審計的風險。“先離后審”雖然有利于發動群眾，了解事實真相，但失去了被審計領導的有利配合，同時也容易造成審用脫節，導致審計目的的模糊、動力不足、認真程度不夠。
6、被審計單位領導干部所在單位缺少必要的內部控制或不嚴格執行內部控制制度，造成管理混亂、信息失真，無疑會加大經濟責任審計的風險。近年來跨及信息失真已司空見慣，“無賬不假、無假不賬”已不是個別單位的現象；經濟活動中違紀違法及各種造假行為層出不窮，花樣百出。審計人員稍有不慎，就有可能被虛假資料或現象所蒙蔽，難以查明事實真相，甚至會為虛假數據或現象撐起“保護傘”，其審計結論可能與客觀實際相反。
二、經濟責任審計風險防范
1、完善的法律法規。經濟責任審計從古代的政府審計一產生就有，但由于我國經濟發展的特殊性，經濟責任審計從1983年才真正得以發展，走的是一條摸索著前進的路子，先后經歷了廠長（經理）離任審計、承包經營經濟責任審計和任期經濟責任審計。其所依據的法律法規也只有1999年中辦發《縣級以下領導干部任期經濟責任審計暫行規定》、《國有企業及國有控股企業領導人員任期經濟責任審計暫行規定》及實施細則等，由于經濟責任審計的特殊性與復雜性，這些遠遠滿足不了經濟責任審計的需要。這又加大力度有針對性地完善法律法規，規范、引導其發展，做到有法可依，才能進一步降低其審計風險。
2、獨立性是職業注冊會計師執行簽證業務的前提，同時也是經濟責任審計過程中審計人員應保持的基本原則。國家審計部門也應以自身的信譽向主管部門、向社會公眾表明，其進行的審計是真實與公允的，并制定一些識別、維護獨立性的措施。要做到獨立審計首先要做到排除來自各方的干擾，包括來自委托機關和本級人民政府的干預；其次是審計立項必須符合中辦國辦下發的《縣級以下領導干部任期經濟責任審計暫行規定》以及有關法律法規。
3、建立經濟責任審計結果評價標準體系。經濟責任審計的評價對象是企業領導人員個人，而不僅僅是企業的財務會計報告，因此，若沒有完善的評價標準體系，很難正確區分其中涉及的各種責任。如除涉及財務收支情況外，還有領導人員的個人經濟問題，領導人員對社會的責任等情況。所以建立評價標準體系的目的在于正確評價領導干部任期業績、明確經濟責任，把較為抽象的責任目標和考核標準進一步具體化，通過數量特征和質量關系對領導干部任期責任的履行情況進行評價。
4、延長評價期間，增加其可持續性。經濟責任審計中領導責任的評價往往只局限于領導的任職期間，這就使領導為了提高任職期間的經營業績，而不惜以犧牲以后期間的利益為代價，這就會給經濟的可持續發展帶來威脅。所以在審計時，不只是注重在職期間所創造的經營業績，也要注重企業當期的發展對后期造成的影響。這樣才能防止一些領導不顧長遠利益而對經濟的持續發展造成影響。
5、建立監督部門。為更好的發揮審計的作用，常規審計有財政部的監督，而經濟責任審計也應有其監督部門，定期不定期地對審計結果進行抽查。目前我國的最高審計機關是審計署，對其下屬單位的檢查只能說是一種內部控制，所以還需要有外部的獨立部門對其進行監督，以保證審計質量。
所謂經濟責任審計風險，是指審計機關或審計人員在經濟責任審計過程中，由于種種原因對相關責任人應當負有的主管責任和直接責任判斷失誤，發表了與事實真相或經濟責任不相符合的審計評價或結論，引起審計主體承擔這種損失責任的可能性。經濟責任審計相對于常規審計具有一定的特殊性，表現在審計對象、審計程序、審計目的等多方面，所以具有更大的審計風險，增加了審計的復雜程度。本文分析了經濟責任審計風險成因，并就防范對策方面提出幾點建議，希望能給讀者一點啟示。