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目前，我國現(xiàn)行科技稅收法律的層次較低，權(quán)威性差，難以發(fā)揮稅收的調(diào)節(jié)作用。因此應(yīng)對一些已經(jīng)相對成熟的條例、法規(guī)通過必要的程序使之上升到法律層次，既有利于克服由于經(jīng)常修改而造成稅法不夠穩(wěn)定的缺陷，也在一定程度上提升了有關(guān)科技稅收的法律效力。
從長遠(yuǎn)角度考慮，對目前零星散布在國務(wù)院、財政部、國家稅務(wù)總局各種通知、規(guī)定中的具體稅收優(yōu)惠政策進(jìn)行歸納梳理，對科技稅收政策實(shí)施單獨(dú)立法，消除現(xiàn)行法規(guī)之間矛盾、重復(fù)、龐雜與混亂的弊端，加強(qiáng)科技稅收優(yōu)惠的規(guī)范性、透明性和整體性亦很有必要。
隨著經(jīng)濟(jì)形勢的發(fā)展，應(yīng)賦予地方一定限度的稅收立法權(quán)，使科技稅收優(yōu)惠政策與中央和地方的發(fā)展戰(zhàn)略緊密結(jié)合，中央可以集中對基礎(chǔ)科學(xué)、國家重點(diǎn)技術(shù)開發(fā)及主導(dǎo)性產(chǎn)業(yè)給予稅收支持，地方則對有利于地方經(jīng)濟(jì)發(fā)展，效益較為明顯的技術(shù)開發(fā)項(xiàng)目予以扶持，進(jìn)一步明確管理權(quán)限的劃分，提高行政效率。
由于高新技術(shù)企業(yè)具有高投入、高風(fēng)險和高回報的特點(diǎn)，因此科技稅收的優(yōu)惠重點(diǎn)應(yīng)放在補(bǔ)償和降低高新技術(shù)企業(yè)的投資風(fēng)險方面，將目前主要對高新技術(shù)產(chǎn)品生產(chǎn)與銷售環(huán)節(jié)給予稅收優(yōu)惠，逐步轉(zhuǎn)化為對科研技術(shù)開發(fā)補(bǔ)償與中間試驗(yàn)階段給予稅收優(yōu)惠，以增強(qiáng)科技稅收政策的一體化效應(yīng)。具體而言，應(yīng)根據(jù)高新技術(shù)企業(yè)的特點(diǎn)，擴(kuò)大研究開發(fā)經(jīng)費(fèi)超額扣除政策的優(yōu)惠范圍，取消現(xiàn)行政策中“國有、集體工業(yè)企業(yè)”及“盈利企業(yè)”和“超額扣除以應(yīng)納稅所得額為限”的不合理規(guī)定，規(guī)定只要研究開發(fā)費(fèi)用超過上年10%以上的企業(yè)，經(jīng)主管稅務(wù)機(jī)關(guān)批準(zhǔn)都可享受150%的稅前扣除優(yōu)惠。受惠企業(yè)因當(dāng)年虧損或盈利部分不足以抵扣規(guī)定扣除額的，可在五年內(nèi)結(jié)轉(zhuǎn)使用，從政策上鼓勵企業(yè)加大對研究開發(fā)的投資力度。
增值稅方面。“生產(chǎn)型”增值稅最終向“消費(fèi)型”增值稅過渡是增值稅改革的目標(biāo)與方向。在增值稅尚未完全實(shí)施轉(zhuǎn)型之前，建議在增值稅條例中增加特定扣除項(xiàng)目的條款，對高新技術(shù)企業(yè)購進(jìn)的用于科技開發(fā)、研制與試驗(yàn)的固定資產(chǎn)所含進(jìn)項(xiàng)稅金允許分期分批實(shí)施抵扣。鼓勵企業(yè)更新設(shè)備，采用先進(jìn)技術(shù)。同時應(yīng)根據(jù)經(jīng)濟(jì)形勢的不斷發(fā)展變化，考慮擴(kuò)大增值稅的征收范圍，將與高新技術(shù)產(chǎn)業(yè)發(fā)展密切相關(guān)的交通運(yùn)輸、服務(wù)業(yè)等行業(yè)納入增值稅征收范圍。作為實(shí)施此項(xiàng)政策的過渡措施，目前可對企業(yè)購入和自行開發(fā)的科技成果費(fèi)用中所含的稅款，比照免稅農(nóng)產(chǎn)品與交通運(yùn)輸費(fèi)的有關(guān)規(guī)定，按照一定的比例計(jì)算扣除進(jìn)項(xiàng)稅額，以減輕高科技企業(yè)的實(shí)際稅收負(fù)擔(dān)。
企業(yè)所得稅方面。科技稅收優(yōu)惠的重點(diǎn)應(yīng)從對企事業(yè)單位、科研成果轉(zhuǎn)向?qū)Ω呖萍计髽I(yè)成長時期或重大技術(shù)攻關(guān)、重大市場開拓等關(guān)鍵環(huán)節(jié)和階段的稅收優(yōu)惠與扶持，強(qiáng)化對企、事業(yè)單位科技投入方面的的稅收鼓勵措施。
為了增強(qiáng)企業(yè)抵御風(fēng)險的能力，可以改變以往單純的稅額減免與低稅率的優(yōu)惠政策，采用稅基減免、稅額減免與優(yōu)惠稅率三種方式相互協(xié)調(diào)配合，以促進(jìn)高新技術(shù)產(chǎn)業(yè)的發(fā)展。具體做法包括：對從事科技開發(fā)的投資與再投資實(shí)行投資抵免政策，允許企業(yè)按研究開發(fā)費(fèi)用的一定比例從應(yīng)納稅額中抵繳所得稅，提高企業(yè)從事技術(shù)開發(fā)的積極性；準(zhǔn)許高新技術(shù)企業(yè)按照銷售或營業(yè)收入的一定比例設(shè)立各種準(zhǔn)備金，如風(fēng)險準(zhǔn)備金、技術(shù)開發(fā)準(zhǔn)備金、新產(chǎn)品試制準(zhǔn)備金以及虧損準(zhǔn)備金等，用于研究開發(fā)、技術(shù)更新等方面，并將這些準(zhǔn)備金在所得稅前據(jù)實(shí)扣除。
此外，科技稅收優(yōu)惠必須突出國家產(chǎn)業(yè)政策的導(dǎo)向，與國家科技發(fā)展計(jì)劃保持一致，確定重點(diǎn)扶持的對象，優(yōu)先鼓勵科技水平高、可迅速轉(zhuǎn)化為生產(chǎn)力，并能使生產(chǎn)效率顯著提高的高新技術(shù)企業(yè)與科研項(xiàng)目的發(fā)展。具體而言，當(dāng)前在保持對高科技產(chǎn)業(yè)給予稅收優(yōu)惠的同時，應(yīng)加大對傳統(tǒng)產(chǎn)業(yè)進(jìn)行技術(shù)改造的稅收優(yōu)惠力度，對科技投入達(dá)到一定數(shù)額的國有大中型企業(yè)，可與高科技產(chǎn)業(yè)享受同等的優(yōu)惠政策，以盡快實(shí)現(xiàn)經(jīng)濟(jì)增長方式的根本轉(zhuǎn)變。
需要指出的是，對高新技術(shù)企業(yè)的稅收優(yōu)惠政策應(yīng)根據(jù)“彌補(bǔ)風(fēng)險”的原則，及時加以調(diào)整，
以避免出現(xiàn)僵化。這方面應(yīng)對高新技術(shù)企業(yè)適用優(yōu)惠稅率和其他優(yōu)惠措施要有一定的時間限制，隨著其收益的逐漸增加或其產(chǎn)品、成果已不屬于高新技術(shù)的范疇，應(yīng)及時恢復(fù)按照正常稅率實(shí)行征收。這樣做的結(jié)果既可以促使企業(yè)不斷進(jìn)行技術(shù)創(chuàng)新，提高生產(chǎn)力，又可以有效地避免稅收優(yōu)惠措施的濫用，達(dá)到公平與效率并舉的雙重目標(biāo)。